Havets Djup är den tredje av fyra böcker skrivna av Annika Thor som handlar om Steffi, 12 år gammal och Nelli, 7 år gammal, två judiska flickor som skickas till Sverige från Wien av sina föräldrar i augusti 1939. Boken är skriven från Steffis synpunkt.
Avsikten var att föräldrarna skulle komma senare när hela familjen fick inresetillstånd till Amerika. Flickorna bodde för tillfället med fiskarens familjer på en ö i Göteborgs skärgård. Steffis fosterföräldrar var tant Märta och farbror Evert Jansson. När kriget började blev det självklart att flickorna skulle bo ett tag i Sverige och därför skickades flickorna till folkskolan. Sommaren kom och eftersom Steffi var duktig och fick bra betyg, fick hon stipendium och fortsatte på läroverket i Göteborg. I början bodde Steffi med en läkarfamilj som inackordering i en fin lägenhet in stadens centrum men det blev besvärligt eftersom, bland annat, hon älskade familjens son Sven. Steffi erbjöds av sin klasskamrat Maj att bo med hennes stora arbetsklass familj – de har sex syskon – i deras nya större lägenhet i Sandana.
Flickornas föräldrar bodde fortfarande i Wien och väntade på tillståndet. Slutligen kom det men sedan blev deras mor allvarligt sjuk av lunginflammation och de kunde inte resa.
Historien börjar mars 1943. Steffi fortsätter på skolan. Hennes föräldrar skickas till koncentrationslägret för judarna, Teresienstadt, i Tjeckien. Trots att hon är en vanlig tonåring är hennes liv överskuggat av kriget och hennes föräldrars öde. Nu kommer inte mera brev men bara kort med 30 ord skrivna på och det tar minst en månad för kort att komma fram. I lägret är livet grymt. Herrar och kvinnor bor inte som familjer utan separeras. Nelli bor fortfarande på ön och älskar sina fosterföräldrar och deras egna barn. Hon är arg på sina föräldrar eftersom de skickade bort henne. Hon förstår inte att de gjorde det för att skydda henne mot nazisterna.
På skolan går det bra för Steffi. Uppenbarligen är hon begåvad, får bra betyg i alla ämnen, och klarar sina examinen. Hon vill bli läkare. Men om hon ska studera i tre år till, finns det kanske problem med stipendium och levnadskostnader som hon får av hjälpkommittén
Steffi bor i Sandana och delar rum med Maj. Hon trivs. Maj har svårt med matematik och får hjälp av Steffi. Ofta tar Steffi hand om städning, diskning och matlagning. Hon har egentligen blivit en familjemedlem. Hon tycker om sin tant Tyra, Majs mor och om hennes far som arbetar på varvet.
Steffi hade lovat att tar hand om sina syster. Nu är det inte så lätt eftersom hon sällan besöker ön. Nelli har gömt föräldrarnas bild. Hon vill glömma bort dem och skriver aldrig till dem. Hon vill vara svensk och är generad av sitt svarta hår och mörka ögon som gör henne annorlunda i jämförelse med vänner på ön. Egentligen önskar Nelli att hon var tant Almas eget barn. De finns ingenting som Steffi kan göra åt det. Nu är det för sent.
Varje vecka träffas Steffi och Vera, hennes vän på ön som har flyttat till staden och bor som hembiträde med en familj i Vasastan. Vera ser ut som en vacker ung dam med sin moderna vågade frisyr. Bredvid henne känner sig Steffi fortfarande barnslig trots att hon knappt är fyra månader yngre. Vera tycker om att ha roligt och på lördags kvällar går hon till dansrestaurangen på nöjesfältet Liseberg. Vera erbjuder henne att följa med men Steffi säger att tant Märta kommer att bli arg eftersom sådana är förbjudna. Vera berättar om en fotograf som hon hade träffat som vill fotografera henne för att sälja bilderna till veckotidningarna. Vera vill bli något – kanske en berömd filmstjärna. Men det oroar Steffi. Vera vill att Steffi ska följa med men hon vägrar.
En lördagskväll övertalas Steffi att följa med Vera till dansen. Där träffar de två pojkar, Rickard och Bengt och efter dansen åker de till Rikards stuga i koloniområdet. Pojkarna dricker för mycket och bli fulla. Vera och Rikard går in i stugan. Steffi och Bengt sitter ute i en fåtölj. Bengt vill ha sin väg med Steffi, men Steffi skjuter honom ifrån sig och springer bort mitt i natten.
En dag råkar Steffi få se sin gammal klasskamrat från Wien som heter Judith, på spårvagnen. Hon berättar sin historia i Sverige. Judith hade haft svårt. Hennes första fosterfamilj hade varit judisk men inte tillräckligt religiös. De hade tyckt att hon var besvärlig och hade kastat ut henne. Sedan hade hon skickats till bönder som hade tvingat henne att äta fläsk. Till slut hade hon bott hos en familj i Borås men efter en tid hade de flyttat till Stockholm och Judith hade hamnat på barnhem. De diskuterar sina föräldrars öde. Judiths hade deporterats till Polen och hon får inga brev. Hon arbetar på chokladfabrik och sparar pengar till resan till Palestina efter kriget. När Steffis brev kommer tillbaka med ”retur” på kuvertet kan Judith förklara varför. ”Abgereist” betyder ännu värre än ”retur”.
Hjälpkommittén kan bara betala för levnadskostnader för två år till. Steffi måste studera hela sommaren för att hoppa över första året i gymnasiet. Under sommarlovet kommer som sommargäster Hedvig Björk och hennes väninna Janice som är engelsk balletdansör till ön. Varje morgon undervisar Hedvig Björk henne. Steffi får besök av Maj och Judith. Med Maj går det bra men med Judith går det illa. Judith får se Jesustavlan på väggen i Steffis rum och vill inte äta tant Märtas mat. Hon bli arg och anklagar henne för att svika sitt folk.
Steffi pratar mycket med Vera som har flyttat tillbaka till ön. Hon hade tvingats att fotograferas naken. Hennes mage är stor. Hon är gravid och förlovad med Rikard, men hon vet inte vems barnet är. Kanske är det fotografs.
Nästan varje dag går Steffi till posten men det finns inget brev. Till slut kommer ett kort från pappa där det står att mamma dog i tyfus. Hon måste berätta det för Nelli. Det är mycket svårt. Först tror Nelli henne inte, sedan säger hon att det är hennes eget fel eftersom hon hade önskat att hon var Almas och Sigurds eget barn.
Steffi skriver ett långt brev till pappa. Det kommer tillbaka. Det står ”Abgereist” på ett kuvert. Vart? Judith förklarar. ”Abgeriest” betyder att pappa skickas på en transport till ett annat läger, antagligen in Polen. Det kommer inga brev därifrån och man kan inte skriva dit.
Steffi klarar sitt inträdesprov. Tyskar börja skjuta svenska fiskbåtar. Fiskarna mötes och bestämmer att byta båtarnas namn för att tyskarna inte ska känna igen båtarna. Farbror Everts båt heter Diana. Evert byter båtens namn till Elizabeth efter Steffis mor.
Hösten kommer. Kriget fortsätter. Miljontals judar gasas ihjäl av nazisterna i koncentrationslägren. De allierade har segrat vid Stalingrad och i Nordafrika och börjar invadera Italien. På ön sitter Steffi och Nelli tillsammans på en klippa och tittar över havet. Till Amerika. Vi kom aldrig dit, säger Nelli. Nu måste flickorna ta hand om varandra.